2006–2007 m. Lietuvos lygos vyrų rankinio čempionate „ VPU Šviesa-Savanoris“ užregistravo aštuoniolika žaidėjų. Šio sezono pradžioje labiausiai komandą džiugino tai, kad komandą paliko tik du žaidėjai ir papildė nauji perspektyvūs sportininkai. Tai komandai leido tikėtis gerų rezultatų. Klubas sudarė naujas sutartis su perspektyviais jaunais žaidėjais: G. Morkūnu, A. Švilpa, A. Diržinauskiu bei vienu patyrusiu žaidėju P. Mažučiu. Ilgiausiai šiai komandai atstovauja E. Lipinskas, R. Mizeras ir D. Afanasjevas – jie žaidžia jau penkti metai.
Komandos spalvos – mėlyna ir geltona. Mėlyna spalva – klubo spalva. Geltona spalva – vieno iš pagrindinių komandos rėmėjų, krašto apsaugos savanorių pajėgų spalva. Komandos apranga – „Erima“ firmos, sportiniai bateliai ir kamuoliai – „Adidas“ .Komandos vanduo – „Aqville“. Informaciniai rėmėjai – „Tango TV“ ir „Lietuvos žinios“.
„VPU Šviesa-Savanoris“ pasirengimą 2006-2007 m. sezonui pradėjo treniruočių stovykla Klaipėdoje. Po savaitės treniruočių pajūryje vyrai grįžo į Vilnių, kur tęsė pasiruošimą sporto salėje. Dar po savaitės vyrai jau ketvirtus metus iš eilės išvyko į tarptautinį turnyrą Estijoje. Šio turnyro tikslas buvo gerinant komandos žaidimą bei žaidėjų tarpusavio supratimą aikštelėje ruoštis artėjančiam Lietuvos čempionatui, Baltijos lygai bei Lietuvos taurės etapams. Šias varžybas komanda pradėjo rugsėjo mėnesį.
2006-2007 m. sezono startas buvo labai nesėkmingas: pirmieji taškai buvo prarasti jau pirmose varžybose Klaipėdoje, pralaimėta „Dragūnui“, bei namų aikštelėje Kauno „Granitui“ . Po vangios pradžios kitą savaitgalį komandos laukė pirmasis Baltijos lygos turas, kuris vyko namų aikštelėje Vilniuje. Tikslas šio savaitgalio buvo laimėti bent, dvejas varžybas iš keturių. Po aktyvių ir sunkių savaitgalio varžybų komanda negalėjo pasidžiaugti nei viena pergale ir nuotaikos komandoje ėmė prastėti. Kas blogiausia, kad komanda vis dar nerodė geros fizinės formos ir gero žaidimo. Po savaitės treniruočių komanda pagaliau pasiekė savo pirmąją pergalę prieš Alytaus „Almeida“ bet kita diena sekė vėl pralaimėjimas Kauno „Lūšies“ komandai. Komandai labai sunku buvo atsitiesti po tokio prasto starto ir dar pradėjo byrėti mūsų komandos sudėtis. Tik sužinojus, kad šiais metais burtai lėmė mums susitikti su sustiprėjusiu Kauno „Granito“ jaunimu taurės varžybose sužinome, kad palieka mus komandos senbuvis D.Afanasjevas. Jis išvyko žaisti į Islandija. Taurės varžybos bendru rezultatu buvo pralaimėtos. Namuose net 10 įvarčiu skirtumu buvo pralaimėta, o išvykoje kita diena laimėta dviejų įvarčių skirtumu.
Šie pralaimėjimai privedė komandą prie didžiausios komandos staigmenos. Komanda prarado ilgametį komandos vedlį, vyriausiąjį komandos trenerį E. Urbanavičių. Šis žmogus tiek metų atidavęs rankiniui ir ypač šiai komandai nusprendė pasitraukti iš trenerio pareigų. Komandos vadovai iš karto nusprendžia, kad šiems metams komandai vadovaus ilgametis komandos žaidėjas, komandos kapitonas, E. Lipinskas.
Po tokių komandos išbandymų komanda nepalūžta ir treniruotis nenustoja nei vienai dienai. Tik pradėjus treniruoti Evaldui sužinome dar viena skaudžia naujiena. Komandą palieka vienas iš startinio septyneto žaidėjų L.Viktorinas, jam diagnozuojama, kad dėl sveikatos sutrikimų jis sportuoti negali, bet rankininkų laukė kovos ir apie praradimus rankininkai neturėjo kada galvoti, turėjo eiti į priekį. Pirmasis čempionato etapas parodė, kad komandai iš ties turbūt pati sunkiausia sezono pradžia per visą šio klubo gyvavimo istorija nors komanda dar labai jauna, tokie praradimai tik grūdina.
Pirmoje čempionato pusėje komanda užėmė septintą vietą turnyrinėje čempionato lentelėje ir dešimtąją vietą Baltijos lygoje. Antrąją sezono pusę komanda pradėjo sausio mėnesį fiziniu pasiruošimu ir tik tada vėl užvirė tikrosios kovos.
Pagerėjęs komandos žaidimas leido jai po truputi vytis kitas komandas turnyrinėje lentelėje ir ruoštis pagrindinėms kovoms atkrintamosiose čempionato rungtynėse. Šioje sezono pusėje vėl persekiojo bėdos, komandoje jau buvo likę penkiolika žaidėju nes dėl traumos nebegalėjo sportuoti A. Parnarauskas komandą paliko M.Baranauskas ir labiausiai patyręs G. Galkauskas. Vėliau sunkią traumą gavo dar vienas patyręs žaidėjas P. Mažutis. Sezoną teko baigti netekus šešių žaidėjų ir trenerio.
2006 – 2007 m. Sezoną Baltijos lygoje komanda užėmė dešimtąją vietą, o Lietuvos lygoje surinkus 30 taškų pakilo į šeštąją turnyrinės lentelės vietą. Komanda sezono gale jau demonstravo gerą žaidimą, liko tik nenugalėta Kauno „Lūšie
s“ komanda. Demonstruodama gera žaidimą komanda atkrintamosiose varžybose galėjo nugalėti bet kurią komandą. Lemiamoje kovoje mūsų komanda susitiko su trečią vieta užėmusią, šių metų sezone Kauno „Granito“ komanda. Šis paskutinis lemiamas etapas tūrėjo būti įveiktas dvejomis pergalėmis norint papulti į čempionato pusfinalį. Kauno komanda reguliariame čempio
nate užėmė aukštesnę vietą, tai lėmė, kad jie turėjo aikštelės pranašumą. Pirmosios rungtynės vyko Kaune, nesusitvarkę su jauduliu komandos žaidėjai negalėjo tinkamai priešintis Kauno ekipai ir run
gtynes pralaimėjo aštuonių įvarčių skirtumu. Antrosios rungtynės vyko Vilniuje, Vilniaus ,,VPU Šviesos – Savanorio“ rankininkams nebuvo kur trauktis, rungtynes reikėjo laimėti. Po tikrai ilgų ir varginančių varžybų, po dviejų pratesimų ir septynių metrų baudinių metimų, komanda rezultatu 42 : 43 turėjo pripažinti Kauno „ Granito“ komandos pranašumą. Kai kurie ekspertai teigė, jog šios rungtynės buvo tikrasis finalas. Ši drama tesėsi 2 val. 10 min. pralaimėjimas Kauno ,,Granito“ ekipai, komandą stumtelėjo į turnyrinės lentelės vidurį ir teko tenkintis šeštąją vieta.
Nors baigėsi visos varžybos, komandos dar laukė viena nemaloni staigmena. Treniruočių metu ilgametis komandos vartininkas Renatas Mizeras patyrė rimtą traumą (trūko kryžminiai raiščiai). Apibendrinus 2006-2007 metų sezoną galima teigti, kad jis nebuvo sėkmingas: daug permainų, daug traumų ir užimta šeštoji vieta neatitiko komandai iškeltų tikslų. Šis sezonas tiek komandos senbuviams, tiek ir naujokams buvo tikras išbandymas, teko atlaikyti didelį psichologinį išbandymą, jaunajam treneriui Evaldas Lipinskas turėjo per naujo sukomplektuoti komandą ir ją paruošti varžyboms, sutramdyti sportininkų emocijas ir jas nukreipti tinkama linkme.